Nectocarcinus được Ng et al. (2008) xếp trong phân họ Carcininae của họ Portunidae.[1] Karasawa et al. (2008) và Grave et al. (2009) xếp nó trong họ Macropipidae.[2][3] Schubart & Reuschel chuyển toàn bộ họ Macropipidae vào trong họ Polybiidae, nhưng cho rằng Nectocarcinus có thể thuộc về dòng dõi khác.[4]

Spiridinov et al. (2014) coi nó như một chi ở vị trí incertae sedis nhưng cho rằng nó và Echinolatus có thể có quan hệ gần với Ovalipes (= họ Ovalipidae).[5] Davie et al. (2015b) xếp nó trong họ Ovalipidae.[6] Evans (2018) tạm thời xếp nó trong phân họ Ovalipinae của họ Geryonidae, nhưng không dứt khoát.[7]